Omtale av intervjuet med Paul Nelson (senior vitenksapsfilosof) om: Orfan gener

Bilde 1. Menneskelig genom har også 15-20% orfan gener

Orfan gener er DNA-sekvenser som koder for proteiner, som det ikke er noen genetiske slektninger til der DNA lagres (i gen-databasene).
Program isolerer kandidater for protein-kodende gener, som matches med algoritmer, for å finne eksisterende koder i gen-banker (sml. oppslag i ordbøker).
En kan sette visse nivåer for forventningsverdier, og får tilbake 'ingen matcher funnet'.

Noen orfan-gener holder fast på sin status som orfans (Open Read FrAmes Non-sequenced)
Typisk: 15-20% (bakterier: 10-15%) av gen-variasjonen er orfan-gener, og de er i høyt antall, dermed blir betydningen stor.
Funksjonelle roller: Anatomien til f.eks. hydra er formidlet av arts-spesifikke proteiner, eller hos mollusker (bløtdyr) -der en tidligere forventet en felles 'stamfar'.
Hos salamandre der et lem kan gro ut igjen, sosial oppførsel hos bier etc.

Evolusjonister forsøker å forklare ved f.eks. at orfan-gener oppsto fra ikke-proteinkodende DNA, som i noen tilfeller tilsvarer DNA-sekvenser -uten start-kode.
Det blir såkalt de-novo syntese, der en går rett fra ikke-proteinkodende gener til fungerende proteiner.
Men det gjelder bare en liten gruppe, og det er p.t. ingen mekanistisk modell for hvordan dette kan skje.

En mindre utbredt forklaring gjelder en 'ikke-kjent felles stamfar': Det hevdes så rask mutasjonendringer, at de opprinnelige gensekvenser ikke tas vare på.
For engelske ord kan man ikke benytte slike forklaringer, {i biologi blir det evolusjon i hullene -oversetter merknad.} Denne teorien mangler også forklaring p.t.

Bilde 2. Menneskets opprinnelse

Pan-genom i E-coli bakterie: For antall gener i E-coli: her overstiger gen-antallet det som ville være mulig for en felles stamfar for den arten.
E-coli har ca. 4500 gener. Pan-genomet er antall gener, av medlemmer av arten, uansett hvor de finnes.
En vil alltid finne nye gener og proteiner, når en åpner nye bakterier. En kan aldri nå den ytre horisont for antall gener her.
For større taksonomiske-kategorier: Det totale antall nukleotider som må kunne gjøres rede for blir utrolig høyt.
Det har ført til at enkelte biologer har fornektet et felles stamtre.

Dette har store konsekvenser for ID-teori:
En kan ut fra formering, muteringsprosesser og tid, beskrive en mulig forventet radius, ut fra teorien om LUCA (Last Universal Common Ancestor).
Fra et felles-utgangspunkt, med tid, tilfeldighet og mutasjoner, beskriver det et område, der en ikke, kan forvente å se nye gener og proteiner hos nye arter, utenfor dette.
Dersom LUCA eksisterer, og en forstår hvordan gener og proteiner oppstår, så vil ikke utgangspunktet i ET forklare forekomsten av alle mulige gensekvenser.

Forutsigelser (forklaringspotensialet) varierer mye mellom ID og ET for taksonomisk-begrensede (orfan) gener. Det er mye høyere for ID; som har et stort potensiale for å forklare nye gener/proteiner.
Dersom gener/proteiner faller utenfor forventet mulig radius, ut fra LUCA, er det grunn til å betvile den teorien.